生命の物理学特論 

担当教員 澤井哲

  平成28年度 Sセメスター 火曜2限   

 

日程

4/11 第1回  オリエンテーション 概説 (PBC Chp 1, 2) 論文担当決め

4/18 第2回  概説 「細胞の知覚と応答」 (PBC Chp 6, 7, 13, 17)

4/25 第3回 ピックアップ論文 #1 ( ), #2( )

5/2 第4回  ピックアップ論文 #3(   ), #4( )

5/9  第5回  概説 「細胞応答の適応とロバスト性」 (PBC 該当なし)

5/16 第6回  ピックアップ論文 #5(    ), #6 (    )    

5/23  第7回  ピックアップ論文 #7( ), #8 ( )

5/30 休講

6/6 第8回  概説 「パターン形成」 (PBC Chp 11, 13, 19, 20)

6/13 第9回  ピックアップ論文 #9( ), #10(     )

6/20 第10回 ピックアップ論文 #11(    ), #12 ( )

6/27 休講

7/4  第11回 概説 「細胞の非遺伝学的な個性、確率性」 (PBC 該当なし)

7/11 第12回 ピックアップ論文 #13(    ), #14( )

7/18  第13回 ピックアップ論文 #15(    ), #16(     )


参考書

Physical biology of the cell 2nd edition, by R. Philips, J. Kondev, J. Theriot and (Garland Science, New York, 2009) Amazonサイト

Biological Physics - Energy, Information, Life by P. Nelson (Freeman, New York, 2008) Amazonサイトはこちら


ピックアップ論文リスト

[1] Trunnell, N et al Ferrell, J.E. Jr. (2011) “Ultrasensitivity in the Regulation of Cdc25C by Cdk1.” Mol. Cell 41, 263-274.

[2] Gregor et al (2009) “Probing the limits to positional information” Cell 130, 153-164.

[3] Cai et al Elowitz (2008) Frequency-modulated nuclear localization bursts coordinate gene regulation. Nature 455, 485-490.

[4] Suel et al Elowitz (2007) Tunability and Noise Dependence in Differentiation Dynamics.  Science 315, 1716-1719.

[5-1] U. Alon etl al (1998) “Response regulator output in bacterial chemotaxis” EMBO J 17, 4238-4248.

[5-2] U. Alon  et al  (1999) ”Robustness in bacterial chemotaxis” Nature 397, 168-171.

[6] Tu, Y. et al (2008) Modeling the chemotactic response of Escherichia coli to time-varying stimuli. PNAS 105, 14855-14860.

[7] Levchenko & Iglesias (2002) “Models of eukaryotic gradient sensing: application to chemotaxis of amoebae and neutrophils” Biophys J. 82, 50-63.

[8] Janetopoulos et al (2004)  Chemoattractant-induced phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate accumulation is spatially amplified and adapts, independent of the actin cytoskeleton. PNAS 101, 8951-8956.

[9] Loose and Mitchison (2014) The bacterial cell division proteins FtsA and FtsZ self-organize into dynamic cytoskeletal patterns. Nat Cell Biol 16, 38-46.

[10] Zieske and Schwille  (2014) Reconstitution of self-organizing protein gradients as spatial cues in cell-free systems. Elife 3, e03949.

[11] Farhadifar et al (2007) The influence of cell mechanics, cell-cell interactions, and proliferation on epithelial packing. Current Biology 17, 2095-2104.

[12] Krieg et al (2008) Tensile forces govern germ-layer organization in zebrafish. Nature Cell Biology 10, 429-436.

[13] Schaerli et al (2014) A unified design space of synthetic stripe-forming networks. Nature Commun 5, 4905

[14] Sheth et al (2012) Hox genes regulate digit patterning by controlling the wavelength of a Turing-type mechanism.  Science 338, 1476-1480.

[15] Spencer et al (2013) The Proliferation-Quiescence Decision Is Controlled by a Bifurcation in CDK2 Activity at Mitotic Exit. Cell 155, 369-383.

[16] Li et al (2016) Dynamics inside the cancer cell attractor reveal cell heterogeneity, limits of stability, and escape. PNAS 113, 2672-2677.